Placé économiquement dans le Bassin lémanique et plus particulièrement dans le pourtour immédiat  de Genève , le Pays de Gex  a toujours effectué  de nombreuses opérations commerciales avec la ville suisse, débouché naturel de ses produit:s. Cette situation existe depuis que Genève, devenue ville importante, dépendait de sa campagne environnante pour s'approvisionner. A cause de cette dépendance, les populations gessienne et genevoise ont donc toujours cherché à établir entre elles des accords économiques de frontière,  permettant ainsi une vie meilleure aux habitants de toute la région. En 1768, Voltaire qui habitait au château de Ferney obtint de Louis XV un certain nombre de franchises douanières pour le pays de Gex, qui devint une zone franche. A la suite du traité de Paris en 1815, ces franchises furent confirmées et élargies grâce à l'intervention efficace du Genevois Pictet de Rougemont.
          Les problèmes de frontière ne réapparurent qu'en 1849, lorsque la Suisse (les cantons de Genève et de Vaud ayant entre-temps rejoint la confédération helvétique), mit en place des péages puis la douane à sa frontière géographique. Le gouvernement français ne tarda pas à vouloir user de réciprocité et plaça sa propre douane à la frontière du Pays de Gex et non à la limite de la zone franche. Après la première guerre mondiale, le statut de ces zones ainsi que les problèmes qu'elles engendraient de part et d'autre de la frontière entraîna des difficultés dans les relations franco-genevoises. Les variations du taux de change y étaient déjà pour quelque chose. Finalement, la douane fut fixée à la frontière du Pays de Gex et un accord fut passé avec la Suisse pour permettre l'échange de certaines marchandises entre le Pays de Gex et les cantons de Genève et de Vaud, permettant ainsi d'établir un régime frontalier. Ce régime permettait aux cultivateurs et maraîchers des zones franches du Pays de Gex, mais aussi de Haute-Savoie, de bénéficier de contingents libres à l'importation. L'un des plus beaux exemples de cette économie franco-suisse qui subsiste encore à ce jour est l'approvisionnement en lait de provenance frontalière par les Laiteries Réunies de Genève.
          La limite de la zone franche, qui correspondait à la limite de l'arrondissement de Gex, c'est-à-dire La Valserine et le Rhône en dehors de la frontière commune avec la Suisse, fut réduite dès 1934 pour être fixée à la ligne de crête de la première chaîne du Jura. Les anciennes douanes de zone avec la Valserine disparurent donc pour laisser la place à de nouveaux postes à Collonges-Fort-l'Ecluse et au sommet du col de la Faucille, ce qui  était tout de même plus simple.
          De nos jours l'Ain est désormais un département frontalier d'un pays qui ne fait pas partie des états ayant signé la convention de Schengen signée le 02-10-97 entre les quinze pays membres de l'Union Européenne et qui prévoit la libre circulation des bien et personnes. C'est la raison pour laquelle les douaniers contrôlent les différent postes frontières entre les deux pays, dont les principaux sont: Ferney-Voltaire (accès routier), l'aéroport de Genève-Cointrin (accès aérien) et la gare de Genève-Cornavin (accès ferroviaire). Le service des douanes est chargé de vérifier les marchandises qui circulent par la frontière Franco-Suisse. Au cours de ses contrôles les douaniers ont le devoir de fouiller les véhicules et les personnes afin de découvrir des produits stupéfiant(drogue) ou démanteler des trafics (armes ,cigarettes…). Le service des douanes à également d'autres fonctions dans l'intérieur du département comme la répression des fraudes, notamment dans les commerces.